Die Margeriten-Schule liegt in der Stadt Hohen Neuendorf im Ortsteil Borgsdorf. Das Einzugsgebiet der Schule ist der gesamte Landkreis Oberhavel und Teile des Landkreises Havelland. Die Umgebung von Borgsdorf ist geprägt durch ausgedehnte Waldgebiete, die ein beliebtes Ziel für Spaziergänger und Wanderer sind. Fußgängig erreichbar ist die Waldschule Briesetal als erlebnispädagogische Begegnungsstätte. Die Schülerinnen und Schüler betreten das Schulgebäude durch einen Seiteneingang, an dem auch die Fahrzeuge der Schülerbeförderung halten. Daran schließt sich ein großzügiger Schul- und Pausenhof sowie ein kleines Wäldchen an, in dem viele Spielmöglichkeiten aufgebaut sind.
Das Schulgelände befindet sich wenige Minuten vom alten Ortskern entfernt in einem ruhigen Wohngebiet. Verkehrstechnisch ist der Ort sehr gut angebunden durch die unmittelbare Nähe des Autobahnrings, die Bundesstraße 96, durch eine S-Bahn-Station der Linie S1 und einer Buslinie 816.
